پرونده انتخابات دوازدهمین دوره مجلس شورای اسلامی با برگزاری مرحله دوم این انتخابات در ۲۱ اردیبشهت ماه سال ۱۴۰۳ به طور کامل بسته شد. در دور اول این انتخابات که در ۱۱ اسفندماه سال ۱۴۰۲ برگزار شده بود، تکلیف ۲۴۵ کرسی پارلمان مشخص شده بود. در مرحله دوم نیز ۹۰ کاندیدا به رقابت پرداختند تا سرنوشت ۴۵ کرسی خالی از سکنه بهارستان روشن شود. رقابت ۹۰ نامزد در دور دوم انتخابات رأس ساعت ۸ صبح جمعه ۲۱ اردیبهشت ماه، در ۱۵ استان کشور آغاز شد و بعد از چندبار تمدید ساعت رأی گیری از سوی ستاد انتخابات تا ساعت ۲۲ ادامه یافت. حوزه‌های انتخابیه تبریز، شبستان، میانه، پارس‌آباد، سمیرم، لنجان، کرج، تهران، ورامین، بیرجند، مشهد، آبادان، رامهرمز، خدابنده، زنجان، شیراز، مرودشت، خرم‌آباد، قائمشهر، ملایر، کرمانشاه و گنبدکاووس، ۲۲ حوزه انتخابیه‌ای بودند که که انتخابات در آنها به دور دوم کشیده شد. ۱۱ هزار ۵۰۰ شعبه نیز برای مرحله دوم انتخابات در سراسر کشور دایر بودند.
از سوی دیگر، این دوره از انتخابات در ۸ حوزه انتخابیه تبریز، تهران، آبادان، شیراز، کرمانشاه، خرم‌آباد، قائمشهر و ملایر به صورت تمام الکترونیکی برگزار شد و به گفته محمدتقی شاهچراغی رئیس ستاد انتخابات کشور، تعداد صندوق های الکترونیکی در این ۸ حوزه، ۲۵ هزار و ۷۰۰ صندوق بوده است. بنابر اعلام وزیر کشور، میزان مشارکت در اولین مرحله انتخابات مجلس دوازدهم ۴۱ درصد بوده است که همانطور که پیش بینی شده بود پایین تر از انتخابات مجلس یازدهم (۴۲.۵۷) بود. در مرحله اول آنگونه که وزارت کشور اعلام کرده بود، ۲۵ میلیون نفر پای صندوق ها حضور یافته بودند و تعداد آرای سفید در کل کشور ۵ درصد بود.
در نتیجه برگزاری دو دور انتخابات مجلس دوازدهم، برخی نمایندگان ادوار چون علاءالدین بروجردی، غلامرضا تاجگردون، محمدقسیم عثمانی، موسی الرضا ثروتی، مجید نصیرپور، فرید موسوی و مهرداد لاهوتی به مجلس بازگشتند و برخی نمایندگان فعلی مجلس نیز ابقا شدند. در دور اول از انتخابات مجلس دوازدهم شورای اسلامی، ۱۰۳ نماینده مجلس یازدهم در مجلس دوازدهم ماندگار شدند. در این مرحله نیز از میان ۲۴ نماینده فعلی مجلس، ۱۲ نفر از آنها بر کرسی های خود در پارلمان ابقا شدند که عبارتند از؛ علیرضا منادی سفیدان از تبریز، مهدی اسماعیلی از میانه، احمد نادری، ابراهیم عزیزی، سمیه رفیعی، زهره سادات لاجوردی، عبدالحسین روح الامینی، بیژن نوباوه وطن از حوزه انتخابیه تهران، سیدمحمد مولوی از آبادان، ابراهیم عزیزی از شیراز و عبدالرضا مصری از حوزه انتخابیه کرمانشاه. علیرضا سلیمی نیز که در مجلس یازدهم از محلات در پارلمان حضور داشت در این دوره از حوزه انتخابیه تهران راهی پارلمان شد. در دومین مرحله از انتخابات اکثر لیست ها اسامی مشترک داشتند با این وجود نگاهی به مشی سیاسی منتخبان مجلس دوازدهم حکایت از آن دارد که کاندیداهای لیست امنا بیشترین کرسی ها را به خود اختصاص داده اند. در دور دوم انتخابات همچنین برخی چهره‌های شاخص چون میرتاج الدینی و محمدحسین فرهنگی از تبریز، سیدنظام الدین موسوی و حسین نجابت از تهران و ...رأی مردم برای حضور در پارلمان را کسب نکردند.
گفتنی است که همانطور که گفته شد با توجه به نتایج اعلام شده از سوی وزارت کشور، اکثریت منتخبان دور دوم انتخابات مجلس شورای اسلامی از حوزه انتخابیه تهران از لیست امنا بودند. اسامی راه یافتگان دور دوم به این شرح است:
۱. بیژن نوباوه: امنا و صبح ایران
۲.محمد سراج: امنا و شانا
۳. ابوالفضل ظهره‌وند: امنا و صبح ایران
۴.حسین صمصامی: امنا و شانا
۵. زهره لاجوردی: شانا
۶. احمد نادری: امنا و صبح ایران
۷. ابراهیم عزیزی: امنا و صبح ایران
۸.سمیه رفیعی: امنا و صبح ایران
۹. پیمان فلسفی: امنا و صبح ایران
۱۰. ابوالقاسم جراره: امنا و صبح ایران
۱۱. مرتضی محمودی: امنا و صبح ایران
۱۲. مجتبی رحماندوست: امنا
۱۳. عبدالحسین روح‌الامینی: شانا
۱۴. مجتبی زارعی: شانا
۱۵. زینب قیصری: امنا و صبح ایران
۱۶. علیرضا سلیمی: شانا