سیستم بانکی ایران با سه مشکل اساسی و چند مشکل جانبی مواجه است: ۱. تحریم ۲. ساختار مالی نامطلوب و زیان انباشته فراوان ۳. سیاست‌های پولی
۱. تحریم
بانک‌ها در مقابل تحریم‌های بین‌المللی تاب‌آوری خیلی کمی دارند و بیشترین آسیب را می‌بینند، زیرا محصور بودن در خاک یک کشور، حیطه عملیات و فعالیت بانک‌ها را به شدت تنگ می‌کند. آنها سرویس و خدمات لازم و کافی نمی‌توانند به مشتریان خود ارائه بدهند و از منابع و تسهیلات بین‌المللی نیز محروم می‌شوند. با تحریم، قیمت تمام‌شده محصولات بانکی افزایش پیدا می‌کند و درآمد بانک به شدت کاهش می‌یابد. بانک‌های ایرانی از بسیاری از سرویس‌ها و خدمات بانکی مثل عملیات بانکی بین‌المللی در امر واردات و صادرات و انتقال اعتبارات بین‌المللی مثل فاینانس و ری‌فاینانس، یوزانس و همچنین دریافت دیگر اعتبارات بین‌المللی از قبیل سپرده‌گیری از بانک‌های طرف قرارداد و رابطه با کارگزاری بانک‌های خارجی محروم می‌شوند.
به علت عدم پذیرش قواعد و دستورالعمل‌های FATF عملا از همکاری بانک‌های خارجی حتی در شرایط رفع تحریم نیز محروم می‌شوند.
۲. ساختار نامطلوب مالی و ترازنامه بانک‌ها
به علت زیان انباشته مستمر در سالیان متمادی نسبت کفایت سرمایه در اکثر بانک‌های ایرانی بسیار پایین و حتی در بعضی از بانک‌ها منفی است. این نسبت که باید بین ۸ تا ۱۰درصد نسبت سرمایه پایه به دارایی‌های موزون شده کم‌ریسک باشد، در بانک‌های ایرانی بین منفی ۵ و ۵ درصد است که وضعیت شکننده‌ای در مقابله با انواع ریسک‌های بانکی داشته و برای همکاری با بانک‌های بین‌المللی نیز امتیاز منفی و مشکل‌زا محسوب می‌شود.
برطرف کردن و انجام اصلاحاتی که این نقیصه را برطرف کند بسیار مشکل و نیازمند منابع مالی زیاد از طریق افزایش در سرمایه است.
۳. سیاست‌های پولی
مشکل دیگر، مشکل مزمن و قدیمی وضعیت سیاست‌های پولی و بانکی متعارض با شرایط اقتصادی و اوضاع بانک‌هاست؛ مثل تعیین نرخ سود دستوری به‌طوری‌که همواره قیمت تمام‌شده پول در بانک‌های ایرانی بیشتر از نرخ سود تسهیلات و وام‌ها است و مارجین یا حاشیه سود عملیات بانکی اغلب منفی و در واقع عملیات بانکی در کشور ما زیان‌ده است و به همین خاطر بانک‌ها به سوی بنگاه‌داری و تخصیص اعتبار به شرکت‌های سرمایه‌گذاری‌های خودشان می‌روند و حیات اقتصادی بخش خصوصی را به خطر می‌اندازند و از یک موسسه خدمات عمومی به یک شرکت سرمایه‌گذار تبدیل می‌شوند و به این ترتیب مانع از رشد و توسعه همگن و متوازن در بخش‌های مختلف اقتصادی می‌شوند و نارضایتی‌های زیادی را فراهم می‌کنند. این بانک‌ها همچنین نه تنها در کنترل تورم کمکی نمی‌کنند، بلکه سبب تشدید تورم و بحران‌های اقتصادی می‌شوند و به علت قدرت مالی‌ای که دارند برای سهامداران خود، رانت و ویژه‌خواری ایجاد می‌کنند.
بنابراین در مجموع، بانک‌ها در شرایط و وضعیت فعلی، قادر به ارزش‌آفرینی در سطح عمومی اقتصاد و حرکت قطار رشد و توسعه اقتصادی نیستند.